#NEXUS [written Thu Apr 14 20:08:37 CST 2022 by Mesquite version 3.61 (build 927) at LAPTOP-EGQTH0DR/192.168.0.151] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=93; TAXLABELS 1 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 2 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 3 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 4 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 5 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 6 60 61 62 63 64 65 66 67 69 7 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 8 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 9 90 91 92 93 94 ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE Character_Matrix; DIMENSIONS NCHAR=2591; FORMAT DATATYPE = DNA GAP = - MISSING = ?; MATRIX 1 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23 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26 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38 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52 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76 ATTA-TTGAA----TAAACTTGGTG----------TGGTTGTCGCTGGCTCTTA--GGAGC--ATGTGCACGCC---------------CTCCA--TTTTTT---ACCTATCCACCTGTGCACATATTGTAGACTT-GGA---TAACTCTCGCTTTCC------------------------------GAAGCGG-AACCAG--AGATTGCC------------TTTT---------------------------GGGCTTTCTT------------------TGAAT-TTCCAAG-T-CTATGTTTA---CCTTTACACA-CCCC-AA-TTGAATGTT--ATAGAATGTAG---TCAATG-GGCTTT-ACAAGCCTAT-AAACATATATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCCTTGGTATTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATTAAATTCTCAACCTTATCAGTTTTGTTT-CAAGAC--TGTG-T-AAGGCTTGGATTAT-GGGGGT-TTATGCTGGTCCACA---------T---TAGT-GGTCAGCTCCCCTGAAACATATTAGCAAGTTCA--ACTAGGGCTCTT-TTCTATTGGTGTGATAA-TTATCTACGCCGTGGATT-GGGCT-------CTCT---------------CAGACTTGCTTCT--AA--------TCGTCT--GCA------AGGACAATC----TTTTGACA-ATTTGACCTTTCCCCTAGTAACTGCGAGTGAAGCGGGAAAAGCTCAAATTTAAAATCTGGCGGTCTT-TGGCCGTCCGAGTTGTAATCTAGAGAAGTGTTACCCGCGTCGGACCGTGTACAAGTCTCCTGGAATGGAGCGTCATAGAGGGTGAGAATCCCGTCTTTGACATGGACTACCGAGGCTTTTGTGGTGCGCTCTCAAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTCCATCTAAAGCTAAATATTGGCGAGAGACCGATAGCGAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGGAAAGAGAGTTAAACAGTACGTGAAATTGCTGAAAGGGAAACGCTTGAAGTCAGTCGCGTTGGCCAGAAATCAACCTTGCTT-TTT--TGCTGGGCGTACTTTCTGGTTGATGGGTCAGCATCAGTTTTGACCGGTGGAAAAAGTCTAAGGAAATGTGGCATCTTCGGATGTGTTATAGTCCTTGGTCGTATACATCGGTTGGGACTGAGGAACTCAGCACGCCGCAAGGCCG-GGTCTTT-GACCACG-TTCGTGCTTAGGATGCTGGC--ATAATGGCTTTAATCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCCTGCGAGTGTTTGGGTGGAAAACCCGAGCGCGTAATGAAAGTGAAAGTTGAGATCCCTGTCGTGGGGAGCATCGACGCCCGGACCAGAAGTTTTCTGATGGATCTGCGGTAGAGCATGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGTAGCGATTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCAT?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 77 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78 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ATTA-ACGAA----TAACTATGGT-----------GGGCTGTCGCTGCCTCTTC--GGAGGA-ATGTGCACGTC---------------CACC---ATTTTT---ATCTATCCACCTGTGCACCGACTGTAGGTCT-GGA---TAACTCTCGTCTTCACCTCGCAAGG---------------GGCTGTTGGCGG-ATGCGA--GGATTGCT------------CTCTCGGG------------------------CGCTCTCCT------------------CGAAT-TTCCAGG-T-CTACGTC------TTTTACACA-CCCC-AA-AAGTATGAT--ATAGAATGTAG---TCAATG-GGCTTC-T-CAGCCTAT-AAAACACTATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCCTTGGTATTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATTAAATTCTCAACCTCACCCATTTTCTG--AATGGG----AC-C-GAGGCTTGGA-TGT-GGGGGT-TTGTGCAGGCTGCCTTCT------T---GTGC-GGTCTGCTCCCCTGAAATGCATTAGCGAGTTCA--TACTGAACTTCC-GTCTATTGGTGTGATAA-TTATCTACGCCGTGGACG-AG-----------GTT---------------TAGACTTGCTTCT--AA--------CCGTCC--GCA------AGGACAATA----CCTTGACA-ATTTGACCTTTCCCCTAGTAACTGCGAGTGAAGCGGGAAAAGCTCAAATTTAAAATCTGGCGGTCTT-TGGCCGTCCGAGTTGTAATCTAGAGAAGTGTTACCCGCGTCGGACCGTGTACAAGTCTCCTGGAATGGAGCGTCATAGAGGGTGAGAATCCCGTCTTTGACACGGACTACCGAGGC-TTTGTGGTGCGCTCTCAAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTCCATCTAAAGCTAAATATTGGCGAGAGACCGATAGCGAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGGAAAGAGAGTTAAACAGTACGTGAAATTGCTGAAAGGGAAACGCTTGAAGTCAGTCGCGTCGTCCGGGAATCAGCCTTC--C-TTC--TGGTTGGTGTACTTCCTGGTTGACGGGCCAGCATCAGTTTTGACCGATGGAAAAAGTTCGAGGGAATGTGGCACCTCCGGGTGTGTTATAGCCCTCGTTCGTATACGTCGGTTGGGACTGAGGAACTCAGCACGCCGCAAGGCCG-GGA-TTC-GTCCACG-TTCGTGCTTAGGATGCTGGC--ATAATGGCTTTAATCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCCTGCGAGTGTTTGGGTGGAAAACCCGAGCGCGTAATGAAAGTGAAAGTTGAGATCCCTGTCATGGGGAGCATCGACGCCCGGACCTGAAGTTTTCTGACGGTTCTGCGGTAGAGCATGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGTAGCGATTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAGAAACTCATATCAGATTTATGTGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGTTGAAACAACCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGAACAAGCCGTCACTTAATTGGACCGCTTGGCGATTGAGAGTTTCTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGATGAACCGAACGCGAGGTTAAGGTGCCGGAATACACGCTCATCAGACACCACAAAAGGTGTTAGTTCA-TCTAGACAGCAGGACGGTGGCCATGGAAGTCGGAATCCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCCGAATGAACTAGCCCTGAAAATGGATGGCGCTTAAGCGTGTTACCCATACCTCGCCGTCAGCGTTGAAGTGACGCGCTGACGAGTAGGCAGGCGTGGTGGAACTGGTGCTGGAATGGGCACCCTCCTCATTTCCAAGATTCGTGAGGAGTACCCTGACCGCATGATGTGCACGTACTCTGTTGTGCCATCACCCAAGGTCTCTGACACTGTCGTCGAGGTGCGTAATTTGTATTTTCGGG----TTGAATG---CTGGTGTTGATAGT-----GTGTTGGTAGCCCTACAATGCCACTCTCTCTGTGCACCAGCTCGTTGAGAACTCTGACGAGACGTTCTGCATTGATAACGAGGCTCTCTACGATATCTGCTTCCGTACCCTCAAGCTCTCCACCCCCACCTATGGCGATCTCAACCACCTCGTCTCCATCGTCATGTCTGGCATCACCACTTGCTTGCGTTTCCCTGGTCAGCTCAACTCTGACCTCAGGAAGTTGGCTGTCAACATG 80 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81 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82 ?????TTGAA----TAAACTTGACG-------TTCTGGTTGTCGCTGGCTTYTA--GGAGC--ATGTGCACGCCG--------------CGTC---ACCTTT---ATCTTTCCACCTGTGCACCCTTTGTAGACCT-GGA---TACCTCTCGAGG--------------------------------CAACTCGG-ATGGGA--GGACTGCT------------GT-----------------GCGCAAGC----CAGCTTTACCTC----------------TGCAT-TTCCAGG-C-CTATGTTT-------TTACACA-CTCC------GTATGTT-AACAGAATGTCA---TCAATG-GGCTTT-C-ATGCCTATAGAAAAACTATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCCTTGGTATTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATTAAATTCTCAACCTCTCCTGGCTTT----GTTGTC--AGGA-TGTAGGCTTGGA-TGT-GGGGG----TTGCCGGCTTTTA---------A---AAAA-GGTCAGCTCTCCTGAAATACATTAGCGGAACCT--TTTT-GTGAACC-GTCTATTGGTGTGATAA-CTATCTACGCCGTSGACG-CTAAGCAGCTTTTTCTCTTATGGAGG-----AGGTTCAGCTTCT--AA--------CTGTCC--ATTGA--CTTGGACAAATCT-ATTTTAACA??????????TTCCCCTAGTAACTGCGAGTGAAGCGGGAAAAGCTCAAATTTAAAATCTGGCGGTCTT-TGGCCGTCCGAGTTGTAATCTAGAGAAGTGTTACCCGCACTGGACCGTGTACAAGTCTCCTGGAATGGAGCGTCATAGAGGGTGAGAATCCCGTCTTTGACACGGACTACCAGAGCTTTTGTGGTGCGCTCTCAAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTCCATCTAAAGCTAAATATTGGCGAGAGACCGATAGCGAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGGAAAGAGAGTTAAACAGTACGTGAAATTGCTGAAAGGGAAACGCTTGAAGTCAGTCGCGTTGGTCAGGAATCAACCTTGCTC-TTT--TGCTGGGCGTACTTCCTGGTTGACGGGTCAGCATCAATTTTGACCGGTGGATAAAGTCCAGGGGAATGTGGCACCTTCGGGTGTGTTATAGCCCTTGGTCGCATACATCGGTTGGGATTGAGGAACTCAGCACGCCGAAAGGCCG-GGTTTTT-AACCACG-TTCGTGCTTAGGATGCTGGC--ATAATGGCTTTAATCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCCTGCGAGTGTTTGGGTGGAAAACCCGGACGCGTAATGAAAGTGAAAGTTGAGATCCCTGTCGCGGGGAGCATCGACGCCCGGACCAGACCTTTTGTGACGGTTCCGCGGTAGAGCATGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGTAGCGATTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAGAAACTCGTATCAGATTTATGTGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGTTGAAACAACCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGAACAAGCCGTCTCTTAATTGGACCGCTTGGCGATTGAGAGTTTCTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGATGAACCGAACGCGAGGTTAAGGTGCCGGAATTCACGCTCATCAGACACCACAAAAGGTGTTAGTTCA-TCTAGACAGCAGGACGGTGGCCATGGAAGTCGGAACCCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCCGAATGAACTAGCCCTGAAAATGGATGGCGCTTAAGCGTGATACCCATACCTCGCCGTCAGCGTTGAAGTGACGCGCTGACGAGTAGGCAGGC?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 83 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84 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93 ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTTTTGTTGCCAT----------------------------------------------------------------------------------------GT---------------------------------------------------------CGTCC-TCTGGGG-T-CTATGTTA-------TCATAAA-CCAC--T-TAGTATGTC--GTAGAATGAAG---TATTTG-GGCCTC-A-GTGCCTAT--AAACAAAATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCCTTGGTATTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATTAAATTCTCAACCCCTCCAGCTTTT----GTTGC---TGGT-T-GTGGCTTGGA-TAT-GGGAGT-GTTTGCTGGTGTCAT-------------TCGA-GATCAGCTCTCCTGAAATGTATTAGTGGAACCG---TTT-GCGATCC--GTCACCGGTGTGATAA-TTATCTACGCCATAGACT-GTGAACGCTCTCTGTA---------------TTGTTCTGCTTCT--AA--------CTGTCCT-ATTAA----AGGACAAC----AATATTGAACTTTTGACCTTTCCCCTAGTAACTGCGAGTGAAGCGGGAAAAGCTCAAATTTAAAATCTGGCGGTCTT-TGGCTGTCCGAGTTGTAATCTAGAGAAGTGTTACCCGCGTTGGACCGTGTACAAGTCTCCTGGAATGGAGCGTCATAGAGGGTGAGAATCCCGTCTTTGACACGGACTACCAAGGC-TTTGTGGTATGCTCTCAAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTCCATCTAAAGCTAAATATTGGCGAGAGACCGATAGCGAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGGAAAGAGAGTTAAACAGTACGTGAAATTGCTGAAAGGGAAACGYTTGAAGTCAGTCGCGTTGGCTTGGGATCAGCTTCG--C-TTT--TGCGTGGTGTACTTCCTAGTTGACGGGTCAGCATCAATTTTGACCGCTGGAAAAAGGTTTGGGGAAGGTGGCAGCTTAGGCTGTGTTATAGCCCCTTGTCATATACAGCGATTGGGATTGAGGTACTCAGCACGCCGCAAGGCCG-GGT-TTC-GACCACG-ATCGTGCTTAGGATGCTGGC--ATAATGGCTTTAAGCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCCTGCGAGTGTTTGGGTGGAAAACCCGAGCGCGTAATGAAAGTGAAAGTTGAGATCCCTGTCGTGGGGAGCATCGACGCCCGGACCAGAACTTTTGGGACGGATCCGCGGTAGAGCATGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGTAGCGATTCTGACGTGCAAATCGATCGTCGAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAGAAACTCATATCAGATTTATGTGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGTTGAAACAACCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGAACGAGCCGTTTCTTGACTGAACCGCTCGGCGATTGAGAGTTTCTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGATGAACCGAACGCGAGGTTAAGGTGCCGGAATTCACGCTCATCAGACACCACAAAAGGTGTTAGTTCA-TCTAGACAGCAGGACGGTGGCCATGGAAGTCGGAATCCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCCGAATGAACTAGCCCTGAAAATGGATGGCGCTTAAGCGTGATACCCATACCTCGCCGTCAGCGTTGAAGTGACGCGCTGACGAGTAGGCAGGC?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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?????TTGAA----TATGCTTGAT-----------GGGTTGTCGCTGGCCTTTC--GGGGC--ATGTGCACGCC---------------TGTCTTGACTTCT---ATTCATCCACCTGTGCACCCATTGTAGTTCT-TTT---CAATTTCTGAGGGTCG---AGGAAGCGGCYTTCAACTCGGTGTCAAAACCGG-ATTTGA--GGACTGCC-------CTTTGGGGCTTTTCT-CTAGAGTCGTGGAATC----GGGCCTTTGG------------------TCTGA-GAAAYGG-G-CTATGTCT----TTATCATAAA-CCAT--G-TAGTATGTT-GCCAGAATGTAT---TCAATG-GGCCTT-C-GTGCCTATATAAACCTTATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCCTTGGTATTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCAGTAAATTCTCAACTCCTCCAGTTTTT----GTGACTG-CGAA-T-GGAGCTTGGA-CGT-GGAGG--TCTTGCGGGCCCTGTTTC----------AATG-GGTCGGCTCCTCTGAAATGCATTAGCGGAACCG---TTT-GCGATCC--GTCACAGGTGTGATAA-TTATCTACGCCAGTGGGT------CGCTCTCTGTR---------------TCGTTCAGCTGCC--AA--------CCGTCC--GCA------AGGACAAACT--CTTACTGAACCTT?????????????????????????????????????????????TTTAAAATCTGGCGGTCTC-TGGCCGTCCGAGTTGTAATCTAGAGAAGTGTTGCCCGCGCTGGACCGTGTACAAGTCTCCTGGGATGGAGCGTCATAGAGGGTGAGAATCCCGTCTCTGACACGGACTACCAGGGC-TTTGTGGTACGCTCTCAAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTCCATCTAAAGCTAAATATTGGCGAGAGACCGATAGCGAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGGAAAGAGAGTTAAACAGTACGTGAAATTGCTGAAAGGGAAACGCTTGAAGTCAGTCGCGTTGGCCGGGGATCAGCCTCG--CTTTT--TGCGTGGTGTACTTTCCGGTTGACGGGTCAGCATCAATTTTGACCGCTGGAAAAAGGCTAGAGGAATGTGGCAGCTCCGGCTGTGTTATAGCTTCTGGTCACATACAGCGGTTGGGATTGAGGAACTCAGCACGCCGCAAGGCCG-GGT-TTC-GACCACG-TTCGTGCTTAGGATGCTGGC--ATAATGGCTTTAAGCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCCTGCGAGTGTTTGGGTGGAAAACCCGAGCGCGTAATGAAAGTGAAAGTTGAGATCCCTGTCGCGGGGAGCATCGACGCCCGGACCAGAACTTTTGGGACGGATCCGCGGTAGAGCATGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGTAGCGATTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGG??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ; END; begin mrbayes; log start filename = log.txt; charset Subset1 = 1 -835; charset Subset2 = 836 -2173; charset Subset3 = 2174 -2591; partition PartitionFinder = 3 : Subset1 , Subset2 , Subset3; set partition = PartitionFinder; lset applyto = ( 1 ) nst = 6 rates = invgamma; lset applyto = ( 2 ) nst = 6 rates = invgamma; lset applyto = ( 3 ) nst = 6 rates = invgamma; prset applyto = ( all ) ratepr = variable; unlink statefreq = ( all ) revmat = ( all ) shape = ( all ) pinvar = ( all ) tratio = ( all ); mcmcp ngen = 2000000 printfreq = 1000 samplefreq = 100 nchains = 4 nruns = 2 savebrlens = yes checkpoint = yes checkfreq = 5000; mcmc; sumt conformat = Simple contype = Allcompat relburnin = yes burninfrac = 0.25; sump relburnin = yes burninfrac = 0.25; END; BEGIN ASSUMPTIONS; TYPESET * UNTITLED = unord: 1- 2591; END; BEGIN CODONS; CODESET * UNTITLED = universal: 1- 2591; END; BEGIN MESQUITECHARMODELS; ProbModelSet * UNTITLED = 'Jukes-Cantor': 1- 2591; END; BEGIN TREES; Title 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